منتظری تهدید کرده است که جمهوری اسلامی با آزاد کردن میرحسین موسوی و مهدی کروبی پرونده خود را بیش از این سنگین نکند! 
وی که پس از وفات پدرش با صدور بیانیه و اتخاذ مواضع سیاسی به حمایت از جریان فتنه پرداخته، موسوی و کروبی را از "چهره‌های ماندگار" ایران دانسته است: از مسئولین کشوری تقاضامندم که در این ماه مبارک زندانیان سیاسی را آزاد نمایند. این عزیزان غیر از اسلام و ایران دغدغه‌ای نداشته و ندارند و بسیاری از آنان در تشکیل این جمهوری اسلامی نقش فراوان داشته‌اند. حضرات آقایان کروبی و موسوی بیشترین سالهای عمرخود را در راه خدمت به مردم صرف نموده‌اند و از چهره‌های ماندگار این کشور محسوب می‌شوند. نظام اسلامی اگر از آنان تقدیر نمی‌کند لااقل آنان را آزاد نماید و پرونده خود را در نزد خدا و مردم بیش از این سنگین ننماید. 
احمد منتظری همچنین گفته از اینکه مدیران سایت جرس "دو مقاله از دو سید حسن" را در یک صفحه منتشر کرده اند، "بسیار مسرور" شده و آن را به فال نیک گرفته است. 
به نوشته او "مقاله اول نوشته‌ای بود از حجة الاسلام والمسلمین آقای سید حسن خمینی و مقاله دیگر در همان صفحه، تحلیلی از آقای مهندس سید حسن شریعتمداری." 
محسن کدیور، عطاالله مهاجرانی و عبدالعلی بازرگان از جمله اعضای اتاق فکر لندن و مدیران اصلی سایت جرس هستند. 
احمد منتظری همچنین با ابراز نارضایتی از طرد منحرفین در طول 30 سال گذشته از کنار رفتن کاظم شریعتمداری و مخالفت امام راحل با عملکرد او ابراز نارضایتی کرده اما در عین حال از پدرش اسمی به میان نیاورده است. 
آقای حسینعلی منتظری پس از بی توجهی به توصیه های دلسوزانه امام (ره) و اصرار بر حمایت از باند مهدی هاشمی از سوی رهبر کبیر انقلاب اسلامی عزل شد.